En Genexa contamos con la primer plataforma a nivel local para el genotipado de mediana o alta densidad de marcadores de tipo SNP de la firma ThermoFisher.

La plataforma GeneTitan, Affymetrix permite analizar miles de sitios en el genoma a través de microarreglos comerciales para diferentes aplicaciones.

En Agrigenómica las principales aplicaciones son:

Array Manzana

Axiom Apple Genotyping Array (Axiom_Apple480) fue diseñado a través del programa de diseño experto de Affymetrix en colaboración con el consorcio FruitBreedomics ( www.FruitBreedomics.com ). La secuenciación y la selección de marcadores fueron realizadas por expertos de Fondazione Edmund Mach, INRA, Dalhousie University, Wageningen UR, University Di Bologna y Universita Degli Studi Di Milano.

La matriz de formato 96 incluye marcadores identificados utilizando datos de secuencia de genoma completo de 63 cultivares de Malus domestica y dos accesiones dobles haploides. La Tabla 1 enumera el número de cultivares y el país de origen correspondiente utilizado en el proceso de descubrimiento de SNP.

Axiom Apple Genotyping Array incluye 480.000 marcadores y, junto con el software Axiom Analysis Suite, supera los desafíos de genotipado asociados con la poliploidía, la descomposición del desequilibrio de ligamiento rápido (LD) y el alto polimorfismo observado en el genoma de la manzana.

Aspectos más destacados de la matriz
• Muy alta diversidad
• Incluye marcadores descubiertos en todo el mundo 63 M. domestica cultivares • Alta resolución de direcciones a la rápida descomposición de LD - 487,249 marcadores en la matriz
   - sesgo hacia las variantes comunes con menor frecuencia de los alelos (MAF)> 0,05
   - Incluye 21.463 previamente Marcadores validados: 19,990 marcadores de una matriz de manzanas de 20K Fruitbreedomics existente en el mercado y 1,473 marcadores identificados mediante genotipificación por secuenciación (GBS)
• Ausencia de variantes parálogas mediante el uso de accesiones dobles haploides en el descubrimiento de SNP

https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/550573?SID=srch-srp-550573#/550573?SID=srch-srp-550573