En Genexa contamos con la primer plataforma a nivel local para el genotipado de mediana o alta densidad de marcadores de tipo SNP de la firma ThermoFisher.

La plataforma GeneTitan, Affymetrix permite analizar miles de sitios en el genoma a través de microarreglos comerciales para diferentes aplicaciones.

En Agrigenómica las principales aplicaciones son:

Array Eucaliptos

Axiom Eucalyptus Genotyping Array (Axiom Euc72K) es un componente de nuestra Axiom Genotyping Solution en la que el ADN genómico diana se prepara y procesa en el instrumento multicanal GeneTitan. El proceso automatizado incluye la hibridación del ADNg con este microarreglo de alto rendimiento, seguido de tinción, lavado, obtención de imágenes y salida de datos de genotipado de SNP para su posterior análisis. La matriz de genotipado Axiom Eucalyptus fue diseñada en colaboración con los Dres. Dario Grattapaglia y Orzenil Bonfim Silva-Junior de EMBRAPA Genetic Resources and Biotechnology en Brasil como parte de la Eucalyptus SNP Array Initiative (ESAI). El objetivo de la ESAI era proporcionar a la comunidad una matriz mejorada de genotipado de menor densidad con una aplicabilidad más amplia y un costo significativamente menor para la selección genómica operativa.Gato. Núm. 551134 ).

Contenido de Axiom Eucalyptus Genotyping Array (Axiom Euc72K)
• Contiene 72.000 SNP
• Genomas de 240 árboles en 12 eucaliptos y una especie de Corymbia secuenciados a una cobertura de 3,5 veces a nivel de árbol individual para desarrollar una colección de 47 millones de variantes de SNP sin procesar
• Datos complementarios de secuenciación del genoma completo para dos especies de eucalipto subtropicales y Corymbia utilizan para aumentar la cobertura de secuencia y la representación de la mejora de descubrimiento de SNP y selección
• datos de la secuencia del cloroplasto genoma de ADN enteros utilizados para subconjunto Derivar de cpDNA SNPs
• Lista final de 1,3 millones de SNP seleccionados para el cribado en función de la cobertura física del genoma de Eucalyptus grandis versión 2.0 y cribados con 960 muestras que cubren la gran mayoría del germoplasma de eucalipto plantado en todo el mundo, incluidas 18 especies de eucalipto y 4 de Corymbia
• El cribado dio como resultado una base de datos de> 780.000 validada SNP para eucalipto y 30.000 para Corymbia
• 72.000 SNP seleccionados para una matriz de producción de alto rendimiento en función de la cobertura del genoma y el mejor compromiso para incluir el mayor número de SNP informativos para las especies de eucalipto 'Nueve grandes' y las periféricas examinadas, mientras se contemplan los SNP para una máxima portabilidad con Arreglo de genotipado previo de SNP de eucalipto.

https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/551135?SID=srch-srp-551135#/551135?SID=srch-srp-551135