En Genexa contamos con la primer plataforma a nivel local para el genotipado de mediana o alta densidad de marcadores de tipo SNP de la firma ThermoFisher.

La plataforma GeneTitan, Affymetrix permite analizar miles de sitios en el genoma a través de microarreglos comerciales para diferentes aplicaciones.

En Agrigenómica las principales aplicaciones son:

Array de camarones / Tilapia

Axiom Multiespecies camarones y  Tilapia Genotyping Array (Axiom TilShrv1) fue diseñado en colaboración con João Campos y Jose Fernando Garcia de Trigene, Brasil, con el apoyo financiero de PIPE-FAPESP. La matriz contiene 60,886 SNP de tilapia y 6,453 SNP de camarón. 

Contenido de tilapia
• Contiene 60,886 SNP de tilapia
• Doce cepas diferentes de tilapia del Nilo desde muestras africanas silvestres hasta GIFT, Chitralada, Stirling y otras cepas de cultivo obtenidas de diferentes orígenes en Brasil y América del Norte, lo que representa la mayor parte de la variabilidad de la tilapia del Nilo en el mundo
• Un total de 16 millones de variantes identificadas después de las lecturas de mapeo de 158 muestras al genoma de referencia de la tilapia del Nilo (GCF001858045.2 O. niloticus UMD-NMBU)
• Después del filtrado, más de 2 millones de SNP bialélicos investigados para su inclusión en la matriz
• Se seleccionaron SNP altamente polimórficos sin polimorfismos adyacentes.
• El conjunto final de SNP tuvo una distancia promedio de 14 kbp en los 22 grupos de ligamiento y alta frecuencia de alelos, y solo unos pocos tenían> 5% de SNP con una frecuencia de alelos menor de 0.05