En Genexa contamos con la primer plataforma a nivel local para el genotipado de mediana o alta densidad de marcadores de tipo SNP de la firma ThermoFisher.

La plataforma GeneTitan, Affymetrix permite analizar miles de sitios en el genoma a través de microarreglos comerciales para diferentes aplicaciones.

En Agrigenómica las principales aplicaciones son:

Array de Soja

Axiom Soybean Genotyping Array (también llamado Axiom SoyaSNP 96-Array Plate) incluye 180,961 marcadores para genotipar variedades cultivadas y silvestres de soja. La matriz fue diseñada a través del Programa de Diseño de Expertos Affymetrix en colaboración con el Instituto de Investigación de Biociencia y Biotecnología de Corea (KRIBB), la Administración de Desarrollo Rural y el Instituto Nacional de Ciencia de Cultivos. Las secuencias SNP fueron proporcionadas por el Dr. Soon-Chun Jeong, Namshin Kim y el Dr. Jung-Kuyng Moon.

La soja es una importante fuente mundial de proteínas y aceites alimentarios. Axiom Soybean Genotyping Array tiene marcadores de soja silvestre y cultivada, lo que lo hace ideal para estudios de asociación de genoma completo y mapeo genético de alta densidad para identificar genes adaptativos importantes en germoplasmas de soja silvestres y cultivados.

Características de la matriz de genotipado de soja Axiom
• Contenido completo: la matriz incluye 180.961 marcadores espaciados en el genoma de la siguiente manera:
   - 114.735 SNP o el 63,4% del total de marcadores se encuentran en 40.631 genes.
   - 22.952 SNP se encuentran en 13.259 regiones dentro de 5 kilopares de bases aguas arriba o aguas abajo de los genes.
   - 43.274 SNP ubicados en regiones intergénicas.
   - El descubrimiento y la validación de SNP se completaron utilizando un conjunto diverso de accesiones de soja.

 

Más información >

axiom_soybean_genotyping_array_datasheet.pdf