Genotipados por microarreglos.

En Genexa contamos con la primer plataforma a nivel local para el genotipado de mediana o alta densidad de marcadores de tipo SNP de la firma ThermoFisher.

La plataforma GeneTitan, Affymetrix permite analizar miles de sitios en el genoma a través de microarreglos comerciales para diferentes aplicaciones.

En Agrigenómica las principales aplicaciones son:

1. Predicciones genómicas: a través del conocimiento del genotipo de un animal poder estimar su mérito genético.

2. Generar poblaciones de entrenamiento para predicciones genómicas en diferentes especies.

3. Mejoramiento de cosechas y rendimientos en la crianza de animales.

Ganadería y Avicultura

Array Bovino

Apilcaciones:
• Análisis de parentesco
• Identificación de rasgos económicamente importantes
• Evaluación de productos lácteos
• Mejora genética de líneas puras

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Array Ovino

Aplicaciones:
• Verificación y descubrimiento de la paternidad •
Evaluaciones genómicas precisas
• Asociaciones de todo el genoma luego de una imputación precisa a un panel de mayor densidad
• Asignación de raza
• Monitoreo de genes principales
• Detección de aneuploidía: la detección temprana de tales anomalías permite la identificación de animales que no son padres adecuados para la próxima generación estadísticas de consanguinidad
• Diseños de apareamiento
• Trazabilidad

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Array Equino

Aplicaciones de Axiom Equine Genotyping Array:
• Investigación de rasgos complejos
- Análisis de todo el genoma y mapeo fino
- Análisis de diversidad
- Predicción genómica del riesgo de enfermedad
• Mejoramiento molecular
- Mapeo de asociaciones
- Mejora de la eficiencia de los programas de mejoramiento
- Análisis de firmas de selección

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Array Porcino

Aplicaciones
• análisis de parentesco
• identificación de las características de importancia económica
• mejora genética de líneas puras

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Array Pollos

Aplicaciones de Axiom Pollo :

• Investigación
• mendeliana rasgo de mapeo
•Análisis de diversidad en pollos autóctonos

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Plantas y cultivos

Array de Soja

Aplicaciones :

• Investigación de rasgos complejos y mejoramiento molecular
- Realizar GWAS y mapeo fino
- Identificar rasgos de importancia económica
- Construir mapas genéticos de alta resolución y detectar variaciones naturales en la estructura del genoma

• Mejora molecular
- Realizar mapeo de asociación y selección genómica en programas de mejoramiento de soja

• Genética evolutiva y poblacional
- Distinguir entre poblaciones de soja de diferentes orígenes
- Distinguir entre poblaciones cultivadas y silvestres

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Array Eucaliptos

Aplicaciones
• Estudios de asociación de todo el genoma
• Mejora molecular (mapeo de asociación y selección genómica)
• Creación de una matriz personalizada mediante la selección de SNP de esta matriz (se ha demostrado que cada SNP elegido funciona bien)

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Array Arroz

Aplicaciones:
• Investigación de rasgos complejos
- Identificación y clasificación flexible y rápida de germoplasma
- Identificación de variantes de alto rendimiento
- Mapeo de asociación de todo el genoma y rastreo de genes de enfermedades
• Mejoramiento molecular
- Permite la toma de huellas dactilares de germoplasma de arroz, genotipado de grupos de segregación agrupados, verificación autenticidad de la semilla y selección de antecedentes genéticos
- Permite el análisis de la variación genética de cualquier cepa de O. sativa
- Ofrece información sobre polimorfismos entre subespecies índica y japónica , así como variedades dentro de grupos índica y japónica

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Array Trigo

Aplicación:

- Investigación.
- Mejoramiento.
- Generación de base de datos.

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Array Manzana

Aplicaciones de Axiom Apple Genotyping Array
• Construcción de mapas genéticos de alta resolución
• Mapeo fino de loci de rasgos cuantitativos
• Estudios de asociación de todo el genoma

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Array Algodón

Aplicaciones de Axiom Cotton Genotyping Array
Investigación de rasgos complejos y mejoramiento molecular:
• Mapeo de GWAS y QTL
• Identificación de rasgos económicamente importantes
• Programas de selección asistida por marcadores de precisión mejorada a través de la selección genómica

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Array Maiz

Aplicaciones
• Construcción de Huellas de ADN de variedades de maíz e identificación de variedades similares
• Mapeo de genes y selección de todo el genoma
• Mejoramiento por selección asistida por marcadores moleculares
• Genética y evolución de poblaciones
• Evaluación de recursos de germoplasma a nivel de genoma

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Array de fresa

Aplicaciones de Axiom Strawberry Genotyping Array:
• Investigación de rasgos complejos
- Descubrimiento de QTL
- Identificar rasgos de importancia económica
• Mejora molecular
- Escaneo de todo el genoma
- Mejoramiento asistido por marcadores
• Liberación de nuevos cultivares
- Acelere y aumente la eficiencia del desarrollo de cultivares
- Identificar la presencia de marcadores importantes en el germoplasma de fresa existente
- Usar información genética para identificar el germoplasma que funcionará bien en regiones de cultivo específicas

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Acuacultura

Array de Salmón

Aplicaciones:
• Investigación de rasgos complejos
- GWAS
- Mapeo fino de QTL que afecta rasgos económicamente importantes en salmónidos
• Mejoramiento molecular
- Mapeo de asociaciones y selección genómica
- Mayor precisión en programas de mejoramiento acuícola
- Determinación de género a través de sondas específicas del cromosoma Y
• Genética evolutiva y poblacional
- Distinguir entre peces de diferentes orígenes
- Diferenciar poblaciones cultivadas y silvestres

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Array de camarones / Tilapia

Contenido de camarón
• Contiene 6,453 SNP de camarón
• Marcadores seleccionados dentro del genoma de L. vannamei de un conjunto de datos de más de 350,00 variantes putativas (1,2)
• Marcadores espaciados uniformemente

Aplicaciones para arreglo de camarones
• Genómica selección y evaluación para la identificación familiar dentro del camarón blanco del Pacífico (Litopenaeus vannamei)

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Array Trucha

Aplicaciones de la matriz de genotipado de truchas axiomáticas
• Investigación de rasgos complejos y mejoramiento molecular
- GWAS y locus de rasgos cuantitativos (QTL) mapeo
- Identificación de rasgos económicamente importantes
- Mejora de la precisión en los programas de mejoramiento de la acuicultura a través de la selección genómica

• Genética evolutiva y de poblaciones
- Desarrollo de nuevas poblaciones de reproducción
- Diferenciación entre peces de diferentes orígenes
- Determinación de género mediante sondas específicas de cromosomas sdY
- Diferenciación de poblaciones de cultivo y silvestres

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Mascotas

Array en canino

Aplicaciones
• Estudios de asociación de todo el genoma
• Investigación veterinaria
• Aplicaciones directas al consumidor
• Un organismo modelo para ayudar a comprender enfermedades humanas complejas como el cáncer y la diabetes

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Otros

Array de Microbioma.

Aspectos destacados:
• Diseño experto para perfilar microbiomas humanos y animales con un solo ensayo
• Detecta una mayor diversidad y una resolución más alta que la secuenciación de genes de ARNr 16s
• Permite la elaboración de perfiles genéticos de todos los organismos presentes en una muestra
• Cobertura completa de más de 11.000 organismos y cinco dominios microbianos: arqueas, bacterias, hongos, protozoos y virus
• Permite la identificación de especie, cepa y nivel de secuencia.
• Formatos de placas flexibles de 24 y 96 matrices
• Agnóstico del tipo de muestra: aplicaciones en nutrigenómica, agrigenómica e investigación animal
• Análisis de detección microbiana simplificado

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