En Genexa contamos con la primer plataforma a nivel local para el genotipado de mediana o alta densidad de marcadores de tipo SNP de la firma ThermoFisher.
La plataforma GeneTitan, Affymetrix permite analizar miles de sitios en el genoma a través de microarreglos comerciales para diferentes aplicaciones.
En Agrigenómica las principales aplicaciones son:
1. Predicciones genómicas: a través del conocimiento del genotipo de un animal poder estimar su mérito genético.
2. Generar poblaciones de entrenamiento para predicciones genómicas en diferentes especies.
3. Mejoramiento de cosechas y rendimientos en la crianza de animales.
Apilcaciones:
- Análisis de parentesco
- Identificación de rasgos económicamente importantes
- Evaluación de productos lácteos
- Mejora genética de líneas puras
Aplicaciones:
- Verificación y descubrimiento de la paternidad
- Evaluaciones genómicas precisas
- Asociaciones de todo el genoma luego de una imputación precisa a un panel de mayor densidad
- Asignación de raza
- Monitoreo de genes principales
- Detección de aneuploidía: la detección temprana de tales anomalías permite la identificación de animales que no son padres adecuados para la próxima generación estadísticas de consanguinidad
- Diseños de apareamiento
- Trazabilidad
Aplicaciones :
- Investigación de rasgos complejos
- Análisis de todo el genoma y mapeo fino
- Análisis de diversidad
- Predicción genómica del riesgo de enfermedad
- Mejoramiento molecular
- Mapeo de asociaciones
- Mejora de la eficiencia de los programas de mejoramiento
- Análisis de firmas de selección
Aplicaciones
- análisis de parentesco
- identificación de las características de importancia económica
- mejora genética de líneas puras
Aplicaciones :
- Investigación
- mendeliana rasgo de mapeo
- Análisis de diversidad en pollos autóctonos
Aplicaciones :
- Investigación de rasgos complejos y mejoramiento molecular
- Realizar GWAS y mapeo fino
- Identificar rasgos de importancia económica
- Construir mapas genéticos de alta resolución y detectar variaciones naturales en la estructura del genoma
- Mejora molecular
- Realizar mapeo de asociación y selección genómica en programas de mejoramiento de soja
- Genética evolutiva y poblacional
- Distinguir entre poblaciones de soja de diferentes orígenes
- Distinguir entre poblaciones cultivadas y silvestres
Aplicaciones
- Estudios de asociación de todo el genoma
- Mejora molecular (mapeo de asociación y selección genómica)
- Creación de una matriz personalizada mediante la selección de SNP de esta matriz (se ha demostrado que cada SNP elegido funciona bien)
Aplicaciones:
- Investigación de rasgos complejos
- Identificación y clasificación flexible y rápida de germoplasma
- Identificación de variantes de alto rendimiento
- Mapeo de asociación de todo el genoma y rastreo de genes de enfermedades
- Mejoramiento molecular
- Permite la toma de huellas dactilares de germoplasma de arroz, genotipado de grupos de segregación agrupados, verificación autenticidad de la semilla y selección de antecedentes genéticos
- Permite el análisis de la variación genética de cualquier cepa de O. sativa
- Ofrece información sobre polimorfismos entre subespecies índica y japónica , así como variedades dentro de grupos índica y japónica
Aplicaciones de Axiom Apple Genotyping Array:
- Construcción de mapas genéticos de alta resolución
- Mapeo fino de loci de rasgos cuantitativos
- Estudios de asociación de todo el genoma
Aplicaciones de Axiom Cotton Genotyping Array
- Investigación de rasgos complejos y mejoramiento molecular:
- Mapeo de GWAS y QTL
- Identificación de rasgos económicamente importantes
- Programas de selección asistida por marcadores de precisión mejorada a través de la selección genómica
Aplicaciones
- Construcción de Huellas de ADN de variedades de maíz e identificación de variedades similares
- Mapeo de genes y selección de todo el genoma
- Mejoramiento por selección asistida por marcadores moleculares
- Genética y evolución de poblaciones
- Evaluación de recursos de germoplasma a nivel de genoma
Aplicaciones:
- Investigación de rasgos complejos
- Descubrimiento de QTL
- Identificar rasgos de importancia económica
- Mejora molecular
- Escaneo de todo el genoma
- Mejoramiento asistido por marcadores
- Liberación de nuevos cultivares
- Acelere y aumente la eficiencia del desarrollo de cultivares
- Identificar la presencia de marcadores importantes en el germoplasma de fresa existente
- Usar información genética para identificar el germoplasma que funcionará bien en regiones de cultivo específicas
Aplicaciones:
- Investigación de rasgos complejos
- GWAS
- Mapeo fino de QTL que afecta rasgos económicamente importantes en salmónidos
- Mejoramiento molecular
- Mapeo de asociaciones y selección genómica
- Mayor precisión en programas de mejoramiento acuícola
- Determinación de género a través de sondas específicas del cromosoma Y
- Genética evolutiva y poblacional
- Distinguir entre peces de diferentes orígenes
- Diferenciar poblaciones cultivadas y silvestres
Contenido de camarón:
- Contiene 6,453 SNP de camarón
- Marcadores seleccionados dentro del genoma de L. vannamei de un conjunto de datos de más de 350,00 variantes putativas (1,2)
- Marcadores espaciados uniformemente
Aplicaciones para arreglo de camarones:
- Genómica selección y evaluación para la identificación familiar dentro del camarón blanco del Pacífico (Litopenaeus vannamei)
Aplicaciones de la matriz de genotipado de truchas:
- Investigación de rasgos complejos y mejoramiento molecular
- GWAS y locus de rasgos cuantitativos (QTL) mapeo
- Identificación de rasgos económicamente importantes
- Mejora de la precisión en los programas de mejoramiento de la acuicultura a través de la selección genómica
- Genética evolutiva y de poblaciones
- Desarrollo de nuevas poblaciones de reproducción
- Diferenciación entre peces de diferentes orígenes
- Determinación de género mediante sondas específicas de cromosomas sdY
- Diferenciación de poblaciones de cultivo y silvestres
Aplicaciones:
- Estudios de asociación de todo el genoma
- Investigación veterinaria
- Aplicaciones directas al consumidor
- Un organismo modelo para ayudar a comprender enfermedades humanas complejas como el cáncer y la diabetes
Aspectos destacados:
- Diseño experto para perfilar microbiomas humanos y animales con un solo ensayo
- Detecta una mayor diversidad y una resolución más alta que la secuenciación de genes de ARNr 16s
- Permite la elaboración de perfiles genéticos de todos los organismos presentes en una muestra
- Cobertura completa de más de 11.000 organismos y cinco dominios microbianos: arqueas, bacterias, hongos, protozoos y virus
- Permite la identificación de especie, cepa y nivel de secuencia.
- Formatos de placas flexibles de 24 y 96 matrices
- Agnóstico del tipo de muestra: aplicaciones en nutrigenómica, agrigenómica e investigación animal
- Análisis de detección microbiana simplificado
